El Fondo de Profesionales Empleados de la Universidad del Tolima FONPREUT, cuenta con una Junta Directiva compuesta por cinco miembros principales y sus respectivos suplentes, elegidos por la Asamblea General de Asociados para un período de dos años. La Junta Directiva es la instancia donde se definen los lineamientos y políticas para la operación de FONPREUT.
Por otra parte, FONPREUT cuenta con un Comité de Control Social compuesto por 3 miembros principales y 3 suplentes, el cual tiene a su cargo velar por el correcto funcionamiento social para con sus asociados a través de los diferentes servicios que pone a su disposición. El Comité de Control Social es elegido por la Asamblea General por un periodo de dos años; la Asamblea Ordinaria o Extraordinaria podrá renovar a sus miembros parcial o totalmente.
